Storia: Anche Tuthmosi II ebbe dalla moglie soltanto figlie femmine e un figlio maschio nato da una concubina. Alla sua morte questi fu proclamato re con il nome di Tuthmosi III, ma, essendo ancora molto giovane, fu Hatshepsut a tenere la reggenza. Questa reggenza si trasformò in un vero e proprio regno e Hatshepsut, relegando suo nipote non si sa bene dove, rimase sul trono per ventidue anni.
Mentre era vivo Tuthmosi II, Hatshepsut portava i titoli di "figlia del re, sorella del re, sposa del dio e grande moglie del re". In quel tempo essa non era che una regina di primo rango come le altre che l'avevano preceduta, e non era neppure immaginabile per lei l'onore di una tomba nella valle solitaria e maestosa che proprio allora incominciava a essere riservata ai faraoni. Una sua tomba con la data di questo periodo, contenente un sarcofago intatto, fu trovata a una vertiginosa altezza su di un dirupo circa due chilometri a sud di Deir el-Bahri. Nei primi anni di governo ella dovette accontentarsi della semplice condizione di regina, ed esiste persino un'iscrizione datata nel secondo anno di regno del nipote, che però potrebbe anche non essere contemporanea. In seguito tutti e due contarono i propri anni di regno indipendentemente iniziando entrambi dal principio della coreggenza. Ma l'ambizione della regina non era appagata e dopo non molti anni la spinse all'importante decisione di cingere lei stessa la Doppia Corona. Già due volte nella storia dell'Egitto una regina aveva usurpato il trono, ma era un fatto del tutto nuovo che una donna assumesse vesti e atteggiamenti mascolini. Il cambiamento non avvenne all'improvviso e senza esitazioni, perché esiste per lo meno un bassorilievo in cui ella compare come re dell'Alto e Basso Egitto, ma ancora in abbigliamento femminile. Però, in altri luoghi, particolarmente a Karnak, Hatshepsut è raffigurata in abiti maschili e precede Tuthmosi III, a sua volta, invero, rappresentato come sovrano, ma solo coreggente. In molte iscrizioni ella ostenta tutti i titoli faraonici, benché sui suoi monumenti e su quelli dei suoi cortigiani si usino talvolta per lei pronomi femminili o nomi con la terminazione femminile.
Sarebbe interessante sapere quale fu l'atteggiamento del clero del dio Amon durante questo periodo, visto che era stato lui a proclamare re Tuthmosi III, ma è noto che, in seguito, il gran sacerdote di Amon fu un fedele della regina, e lei stessa si dichiarò figlia del dio. Sembra dunque che il clero abbia giocato un ruolo importante. Il regno di Hatshepsut fu tranquillo dal punto di vista militare, o perché la regina non aveva fiducia nell'esercito, o perché non avrebbe comunque potuto comandarlo, e le spedizioni militari furono rimpiazzate da quelle commerciali nei paesi del Punt. Questo periodo è anche molto importante sul piano artistico: il tempio funerario della regina, a Deir-el-Bahri, costruito dal suo architetto favorito, Senmut, è un capolavoro d'audacia e di misura.
A quanto pare, Senmut doveva essere di umile nascita, perché nella tomba dei suoi genitori il padre non porta che il vago epiteto di "il Degno", mentre la madre è semplicemente detta "Signora di una Casa"; tuttavia, nel corso della sua breve carriera, egli si accaparrò non meno di venti cariche diverse, molte delle quali, senza dubbio, altamente remunerative. Il suo titolo principale, "Cerimoniere di Amon", gli dava, probabilmente, il controllo delle vaste ricchezze del tempio di Karnak. Il grande favore goduto presso la regale padrona è attestato dal fatto che gli fu affidata la tutela della principessa Ranofru, seconda erede al trono per il matrimonio della madre con Tuthmosi II, ma pur se Ranofru visse certo ancora a lungo dopo l'inizio della costruzione del magnifico tempio di Hatshepsut a Deir el-Bahri, non si sa più niente di lei a partire dall'anno 11.
Il tempio funerario di Hatshepsut a Deir el-Bahri, situato entro il grande anfiteatro di scoscesi dirupi, si ispirò in gran parte all'assai più modesto monumento di Menthotpe I , che si erge al suo fianco verso sud. Le ultime notizie di Senmut sono dell'anno 16, ma Hatshepsut visse certo per altri cinque o sei anni. Una volta proclamatasi "re" niente impediva che anche lei avesse una tomba a Biban el-Muluk, e questa fu infatti ritrovata da Howard Carter negli scavi del 1903. Evidentemente una galleria sotterranea avrebbe dovuto correre sotto la collina in modo che la camera sepolcrale risultasse proprio sotto al tempio, ma la roccia friabile impedì di effettuare il progetto. Furono trovati due sarcofagi, uno dei quali modificato in un secondo tempo allo scopo di accogliere il corpo di Tuthmosi I, che la regina evidentemente voleva togliere dalla sua tomba e trasportare nella propria per poter stare insieme nel Mondo dei Morti. Non si sa se il desiderio di Hatshepsut sia mai stato realizzato, e neppure in che modo ella sia morta, certo non molto tempo prima che Tuthmosi III incominciasse a cancellarne il nome dovunque lo trovasse. Lasciò dietro di sé numerosi monumenti, ma nessuno nell'Egitto settentrionale tranne che nel Sinai. Secondo una lunga iscrizione da lei fatta collocare sulla facciata di un tempietto provinciale, detto Speos Artemidos dai Greci, Hatshepsut si gloriava in special modo di aver restaurato i santuari del Medio Egitto fino allora negletti.