Gli scavi hanno provato l'esistenza dì un Neolitico egiziano; l'arte della pietra lavorata e della ceramica, come l'agricoltura e l'allevamento, vi erano conosciuti già molto tempo prima che fosse utilizzato il rame. Durante il Neolitico l'aspetto della valle cambia completamente: il clima diventa sempre più simile a quello attuale, il Nilo si restringe e non occupa più tutta la valle, l'Egitto si popola stabilmente poiché l'inaridimento dei territori limitrofi e la loro trasformazione in deserto fa si che la popolazione si concentri sulla stretta striscia di terra resa fertile dal Nilo. Queste popolazioni neolitiche si possono a tutti gli effetti considerare gli antenati diretti degli egiziani di epoca dinastica. Essi non appartenevano a un'unica razza, erano già il risultato di una mescolanza tra individui di tipo mediterraneo (i Cusciti-Camiti) e il tipo negroide, che proveniva anch'esso dalle razze del Paleolitico recente. Il primo nucleo dell'Egitto è costituito da contadini, ed è interessante notare che questo nucleo, alla base di tutto, era già presente in epoca neolitica, cioè intorno al VI millennio a.C.. Queste date servono solo a dare un'idea di massima, le uniche precise sono quelle fornite dal carbonio 14 per la cultura di el-Fayum (5500-5000 a.C.), e di el-Omari (4000 a.C.). Gli strumenti di questi primi egiziani erano in pietra, la selce si distingue per la precisione con cui è lavorata, e questo è un tratto che caratterizzerà sempre la lavorazione della pietra in Egitto. La maestria degli artigiani delle epoche successive può essere spiegata soltanto attraverso una lunga tradizione di tagliatori di selce di cui erano i continuatori, per non dire i discendenti, al punto che continuarono a creare le stesse forme. Questi primi abitanti della valle vivevano in capanne collettive, allevavano animali domestici (tra essi il bue, il montone e la capra) e avevano addomesticato il cane, che probabilmente li aiutava nel controllo del gregge e nella caccia, attività che, assieme alla pesca, dava un apporto non secondario all'alimentazione della comunità. Essi sapevano anche coltivare, conoscevano il grano e l'orzo e abbiamo anche ritrovato alcuni dei loro strumenti, zappe a pietra e falcetti di selce. Il grano era conservato in silos d'argilla e veniva frantumato con macine piatte, molto simili, come del resto i falcetti, a quelle che si useranno in epoca storica. Infine, già in questo periodo, si conciavano le pelli, si tessevano stuoie o stoffe, si cuciva, si intrecciavano cesti e panieri. Si fabbricava anche una ceramica molto grossolana e si facevano arpioni, braccialetti e aghi d'osso. C'era già un culto dei morti, che venivano interrati nelle vicinanze del villaggio, in fosse ovali, su un fianco e in posizione fetale. La cultura neolitica, insomma, pone le basi, fornendo tutti gli elementi materiali, alla civiltà egiziana vera e propria, e delinea il paesaggio umano della valle del Nilo, fondandovi i primi siti permanenti e dissodando i terreni di coltura. Si conoscono tre tipi di culture neolitiche in Egitto, due al nord, ai confini del delta, vicino al Fayum e nel Medio Egitto, il terzo a sud, nell'Alto Egitto. E importante notare che, già in questo periodo, il paese presentava due focolari di culture differenti, uno al nord e uno al sud, e questo potrebbe spiegare perché gli egiziani sono rimasti fedeli cosi a lungo alla divisione in due parti del loro paese, anche se, geograficamente, non si tratta di due zone nettamente distinte; tra l'altro, la zona marittima del delta, caratterizzata da un clima mediterraneo, probabilmente non era nemmeno abitata in quest'epoca, quindi la distinzione fra nord e sud era ancora meno giustificata, e si può perciò supporre che abbia avuto origini etniche o semplicemente storiche.